000K utf8 1100 $c2014 1500 eng 2050 urn:nbn:de:gbv:8-diss-160584 3000 Linke, Klaus Dennis 4000 Method Development for Qualitative, Quantitative and Computational Proteomics$hChristian-Albrechts-Universität zu Kiel [Linke, Klaus Dennis] 4000 Methodenentwicklung in der Qualitativen, Quantitativen und Computergestützten Proteomforschung$hChristian-Albrechts-Universität zu Kiel [Linke, Klaus Dennis] 4030 Kiel$nChristian-Albrechts-Universität zu Kiel 4209 Die Protein Phosphorylierung stellt eine wichtige posttranslationale Modifikation dar, die eine Vielzahl biologischer Prozesse reguliert. Um die dynamischen Kontrollmechanismen besser verstehen zu können, ist es wichtig phosphorylierte Proteine identifizieren und quantifizieren zu können. Die Anwendung isobarer Derivatisierungsstrategien (z.B. iTRAQ) zur quantitativen Phosphopeptid-Analyse erfordert (i) optimal eingestellte Peptid-Fragmentierungsbedingungen und (ii) speziell angepasste Algorithmen zur Identifizierung iTRAQ derivatisierter (phosphorylierter) Peptide. Weiterhin (iii) wird eine Vielzahl an Peptide-Spectrum-Matches bzw. Phosphopeptid spezifischer Sequenzen für eine akkurate Quantifizierung benötigt. Diese drei Anforderungen wurden in einer Plattform vereinigt, um iTRAQ derivatisierte (Phospho)Proteine mittels massenspektrometrischer Analyse auf einer LTQ Orbitrap Velos relativ zueinander quantifizieren zu können. 4209 Protein phosphorylation is an important posttranslational modification that plays a regulatory role within numerous biological processes. The simultaneous identification, localization, and quantification of phosphorylated proteins is vital for understanding this dynamic control mechanism. The application of isobaric labeling strategies, e.g., iTRAQ, for quantitative phosphopeptide analysis requires (i) optimal peptide fragmentation conditions, (ii) sophisticated computational proteomics algorithms to identify (phosphorylated) iTRAQ labeled peptides, and (iii) the ability to use more than one Peptide-Spectra-Match and phosphopeptide sequence to guarantee accurate phosphorylation specific quantification. These three demands were combined into a platform to relatively quantify iTRAQ-4Plex labeled (phospho)proteins on a LTQ Orbitrap Velos. 4950 https://nbn-resolving.org/urn:nbn:de:gbv:8-diss-160584$xR$3Volltext$534 4961 https://macau.uni-kiel.de/receive/diss_mods_00016058 5051 540 5550 iTRAQ 5550 iTRAQ 5550 Proteomforschung 5550 proteomics 5550 Quantification 5550 Quantifizierung