Dissertation (Metadata)
Title (original):The natural ecology of Saccharomyces yeasts
(translated):Die natürliche Ökologie von Saccharomyces Hefen
 
Author:Vienna Kowallik
 
URN:NBN:urn:nbn:de:gbv:8-diss-185370
 
Faculty:Faculty of Mathematics and Natural Sciences
DDC:570 Life sciences, biology
 
Date of thesis defense:2016-03-17
 
Referent:Dr. Duncan Greig
second reviewer(s) :Prof. Dr. Hinrich Schulenburg
 
Description (original):The extensive existing knowledge about S. cerevisiae based on studies in the lab or in human-made fermentations is unrivaled. Surprisingly almost nothing is known about the natural ecology of the yeast. Wild Saccharomyces are referred as being associated with oak trees especially the bark, which seems surprising considering the high sugar conditions in for example the wine making process. Almost all wild Saccharomyces isolates come from oak but this does not necessarily mean that this is really its primary habitat. There exists a strong bias according to focusing on this environment for sampling as well as to the isolation protocols used. Until now, the yeast / oak association could not be convincingly proved. The aim of this thesis is to shed some light on the natural ecology of Saccharomyces yeast and to specifically search for the natural environment of the yeast. For this approach a combination of field work, next-generation sequencing of the oak bark environment as well as experiments of wild Saccharomyces with naturally co-occurring microorganisms was used.
 
(translated):Das ausgeprägte Wissen über S. cerevisiae basierend auf Studien im Labor oder in vom Menschen geschaffenen Fermentationen, ist bemerkenswert. Überraschenderweise ist allerding fast nichts über die natürliche Ökologie der Modellhefe bekannt. Wilde Saccharomyces Hefen werden als assoziiert mit Eichen, vor allem deren Borke, bezeichnet, was überrascht, wenn man die hohen Zuckerkonzentrationen zum Beispiel im Weinherstellungsprozess betrachtet. Fast alle wilde Saccharomyces Isolate kommen von Eichen, was aber nicht bedeutet, dass dies auch wirklich das eigentliche Habitat der Hefe ist. Es existiert eine starke Tendenz sich auf dieses Habitat zu fokussieren, wenn in der Umwelt nach Saccharomyces gesucht wird. Ausserdem führt das Isolationsprotokoll, das normalerweise verwendet wird, zu einer verschobenen Sichtweise. Bis heute konnte die Hefen / Eichen Assoziierung nicht überzeugend bewiesen werden. Das Ziel dieser Dissertation ist es, ein wenig Licht in die natürliche Ökologie von Saccharomyces Hefen zu bringen und vor allem nach der natürlichen Umwelt der Hefe zu forschen. Für diese Fragestellung wurde eine Kombination aus Feldarbeit, Hochdurchsatz Sequenzierung der Eichenborkenumwelt, wie auch Experimente mit wilder Saccharomyces Hefe und natürlicherweise co-existierenden Mikroorganismen verwendet.
 
Keywords:Saccharomyces, yeast, ecology, field studies, 454 sequencing, experiments, Crabtree effect
Saccharomyces, Hefe, Ökologie, Feldstudien, 454 Sequenzierung, Experimente, Crabtree Effekt
 
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