Investigation of the molecular ageing process of the long-livedbivalve Arctica islandica

Gruber, Heike

The question on why we age and how ageing proceeds has occupied researchers’ minds for a long time. Demands on research of healthy ageing and geriatric diseases rise with an older growing human population. Thus, studying the mechanisms of ageing in animals with extraordinarily long lifespans could possibly reveal secrets to longevity and healthy ageing. In this study, a short-lived population of the bivalve mollusk Arctica islandica from the Baltic Sea (with a maximum lifespan – MLSP – of 40 years) was compared to a long-lived population from Iceland (MLSP >400 years) with respect to physiological and molecular damage parameters and gene expression. Both populations originate from two very distinct environments that may influence the ageing process of the animals. Cohorts of both populations were sampled in 2010 and sexes and ages of all animals were determined. Based on this data, ageing markers (oxidation of proteins, lipids, and nucleotides, protein stability, telomere length, telomerase activity) from selected individuals along sampled age ranges (10-36 years in the Baltic Sea and 6-226 years in Iceland) of the two populations were investigated. Oxidation to nucleotides significantly accumulated over age in both populations and did so significantly faster in the shorter-lived Baltic Sea compared to the longer-lived Iceland population regarding their absolute chronological age. Remarkably, when looking at the results in respect to the relative lifespan of each population, nucleotide damage accumulated at the same pace in both populations. Additionally, a significantly higher mean level of DNA damage was detected in the shorter-lived Baltic Sea population where frequent hypoxic and anoxic events occur and the animals are living in a warmer environment. Interestingly, significantly higher mean levels of lipid peroxidation were observed in the long-lived cold-adapted Iceland population that might result from a different lipid composition at colder temperatures. Lipid peroxidation over investigated ages, however, stayed stable in both populations. All other investigated parameters also stayed stable over age in the two populations, which points towards a remarkable molecular stability, exceptional repair or regeneration capacity of A. islandica. Parallel to the ageing-marker investigations, mRNA of selected, different old animals was sequenced using 454 pyrosequencing to represent combined transcriptomes from post-mitotic heart and highly proliferating gill tissue of different age groups of the two populations. This transcriptome database was used to analyze global gene expression profiles over age of the two populations but also to identify genes of interest for further detailed gene expression analysis via qRT-PCR. The transcriptome analyses revealed a distinct gene expression behavior in young Iceland individuals compared to older age groups and hence, a specific transcriptional pattern for older age classes could not be defined. Together with findings from other A. islandica studies and considering the shape of the observed growth curve, a different physiology in young compared to middle and old aged animals can be revealed up to approx. 40 years of age. Since this is the lifespan of the Baltic Sea A. islandica animals, two different life strategy of both populations could have developed that remain unclear, but factors beneficial for a long life may only be selected for in the longer-lived Iceland population since reproductive output in older/larger animals is much higher than in younger ones. Due to the accumulation with age and immense detected differences in oxidative damage to nucleotides between the two populations, gene expression over age of identified DNA repair genes from the RNAseq database were analyzed with qRTPCR. Further, the expression of antioxidants playing a role in the oxidative stress response, that have previously been observed to be differentially expressed between A. islandica populations under stressful conditions, and that are proposed to be relevant in ageing according to the free radical theory of ageing (Harmann, 1956), was investigated in qRT-PCR. At last, gene expression over age in the two populations with distinct MLSPs was also investigated in known ageing-associated genes. For all analyzed genes a stable expression over complete sampled lifespan (10-36 years for Baltic Sea and 6-226 years for Iceland population) was detected in both populations. Significant differences in mean gene expression levels between the short- and long-lived population, however, could be observed for several DNA repair, ageing-associated, and antioxidant coding genes. Neither a better DNA repair nor oxidative stress capacity, however, in neither of the two populations could be revealed but hints towards a differentially evolved gene expression behavior in investigated populations. Extreme different environmental factors may evoke epigenetic changes in the populations’ genomes that lead to differential gene expression that might further be reflected in the populations’ specific MLSPs. Further investigation on environmentally induced changes on the epigenome and dependent gene expression of differentially expressed genes of interest identified in this study and further investigations on the protein levels in these two populations may be the next step leading to identify ways for healthy ageing.

Die Frage warum und wie wir altern beschäftigt Forscher schon seit langer Zeit. Mit einer stetig älter werdenden Bevölkerung steigt der Bedarf an Forschung auf den Gebieten „Gesundes Altern“ sowie Alterskrankheiten. Die Untersuchung von Alterungsmechanismen in Tieren mit außergewöhnlich langer Lebensspanne könnte daher Geheimnisse zur Langlebigkeit oder dem gesunden Altern aufdecken. In dieser Studie wurden daher zelluläre physiologische und molekulare Schäden sowie die Genexpression einer kurzlebigen Population der Muschel Arctica islandica aus der Ostsee (maximale Lebensspanne – MLSP – 40 Jahre) mit einer langlebigen Population von Island (MLSP >400 Jahre) verglichen. Beide Populationen stammen aus zwei Habitaten mit sehr unterschiedlichen Umweltbedingungen, die den Alterungsprozess der Tiere beeinflussen könnten. In 2010 wurden Kohorten der beiden Populationen gesammelten und das Alter sowie das Geschlecht aller Tiere bestimmt. Basierend auf diesen Daten wurden Individuen beider Populationen entlang der gesammelten Altersspanne (10-36 Jahre in der Ostseepopulation und 6-226 Jahre in der Islandpopulation) selektiert und deren Altersmarker (Oxidation von Proteinen, Lipiden und Nukleotiden, Proteinstabilität, Telomerlängen, Telomeraseaktivität) untersucht. Die Oxidation von Nukleotidsäuren stieg in beiden Populationen über das absolute chronologische Alter signifikant an, was zusätzlich in der kurzlebigen Ostseepopulation signifikant schneller erfolgte als in der langlebigen Islandpopulation. Betrachtet man die Anreicherung der DNA und RNA Schäden hinsichtlich der relativen Lebensspanne der beiden Populationen so stieg dieser Parameter bemerkenswerterweise mit der gleichen Geschwindigkeit an. Zusätzlich wurde ein signifikant höheres Niveau an DNA Schäden in der kurzlebigen Ostseepopulation festgestellt, in deren Habitat häufig hypoxische und anoxische Umweltbedingungen und höhere Temperaturen vorherrschen. Interessanterweise wurden in der langlebigen, kalt-adaptierten Islandpopulation signifikant höhere Durchschnittswerte für die Lipidperoxidation ermittelt, was von unterschiedlichen Lipidzusammensetzungen bei kälteren Temperaturen herrühren kann, das Niveau oxidierter Lipide blieb jedoch über die gesamte Lebensspanne stabil. Alle anderen untersuchten Altersmarker verhielten sich in beiden Populationen über das Alter ebenfalls stabil, was auf eine bemerkenswerte molekulare Stabilität, außergewöhnliche Reparatur- oder Regenerationskapazität in A. islandica hinweist. Zusätzlich zu oben genannten Untersuchungen wurden kombinierte Transkriptome aus post-mitotischem Herzgewebe und stark proliferierender Kieme selektierter Tiere unterschiedlichen Alters aus beiden Populationen mittels 454 Pyrosequenzierung generiert. Diese Transkriptomdatenbank wurde für globale Genexpressionsanalysen über das Alter beider Populationen und zur Identifikation geeigneter Kandidatengene, für weitere detaillierte Genexpressionsanalyse mittels qRT-PCR, genutzt. In der Transkriptomanalyse fiel auf, dass sich das Genexpressionsverhalten der jungen Isländischen Individuen von den älteren Altersgruppen unterschied und somit kein spezifisches transkriptionelles Muster älterer Tiere definieren ließ. Unter Berücksichtigung anderer A. islandica Studien und der Form der erstellten Wachstumskurve, scheinen junge Tiere bis zu einem Alter von ca. 40 Jahren verglichen mit mittelalten und alten Tieren eine unterschiedliche Physiologie aufzuweisen. Da dies der Lebensspanne von A. islandica Tieren aus der Ostsee entspricht, könnten sich zwei bisher unergründete unterschiedliche Lebensstrategien in beiden Populationen entwickelt haben und Faktoren, die ein langes Leben begünstigen, könnten nur in der länger-lebigen Islandpopulation selektiert worden sein, da der Reproduktionsertrag in älteren/größeren Tieren wesentlich höher ist als in jüngeren. Aufgrund der sich anreichernden Nukleotidoxidation mit zunehmendem Alter und der enormen Unterschiede dieses Faktors zwischen den zwei Populationen, wurde die Genexpression von DNA Reparaturgene, die in der RNAseq Datenbank identifiziert wurden, mittels qRT-PCR entlang des Alters analysiert. Weiterhin wurde die Expression von Antioxidantien mittels qRT-PCR untersucht, die eine Rolle in der Oxidativen Stress Antwort spielen, und deren unterschiedliche Expression zwischen A. islandica Populationen nach Stressexposition bereits festgestellt worden ist, sowie nach der „free radical theory of ageing“ (Harmann, 1956) eine altersrelevante Rolle zugesprochen wurde. Zusätzlich wurde die Genexpression bekannter Alterungsassoziierter Gene in den zwei Populationen mit den verschiedenen MLSPs untersucht. In beiden Populationen wurde eine stabile Expression aller analysierten Gene über die gesamte beprobte Lebensspanne (10-36 Jahre in der Ostsee- und 6-226 Jahre in der Islandpopulation) festgestellt. Signifikante Unterschiede des durchschnittlichen Genexpressionsniveaus zwischen der kurz- und der langlebigen Population konnten für einige DNA Reparaturgene, Alterungs-assoziierte und Antioxidantien-kodierenden Gene festgestellt werden. Die Ergebnisse sprechen jedoch weder für eine bessere DNA Reparaturkapazität noch für eine bessere oxidative Stressbewältigung in einer der beiden Populationen. Jedoch könnte dies auf ein unterschiedlich entwickeltes Genexpressionsverhalten der untersuchten Populationen hinweisen. Extrem unter schiedliche Umweltfaktoren könnten epigenetische Veränderungen in den Genomen der Populationen hervorrufen, die zu unterschiedlicher Genexpression führen können und sich weitergehend in den populationsspezifischen MLSPs widerspiegeln. Weitere Untersuchungen der umweltbedingt induzierten Veränderungen des Epigenoms und die davon abhängige Genexpression der hier identifizierten unterschiedlich exprimierten Kandidatengene, sowie die Untersuchung beider Populationen auf Proteinebene könnten den nächsten Schritt zu gesunderem Altern darstellen.

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Gruber, Heike: Investigation of the molecular ageing process of the long-livedbivalve Arctica islandica. 2013.

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