Methodenentwicklung für die Proteomanalyse proteolytischer Prozesse

Jakoby-Gregorius, Thomas

In der vorliegenden Arbeit wurde auf Basis des so genannten proteomic identification of cleavage sites (PICS)-Ansatzes eine massenspektrometrische Methode, der Q-PICS Ansatz entwickelt. Dieser Ansatz kann zur Bestimmung der Spaltspezifität (unbekannter) Proteasen und gleichzeitig zur Quantifizierung proteolytischer Prozesse verwendet werden. Während im klassischen PICS-Ansatz biotinylierte Peptide identifiziert werden, werden im Q-PICS Ansatz TMT-markierte Peptide analysiert. Dadurch können bis zu sechs verschiedene TMT-Reporterionenkanäle verwendet werden, die dann zur relativen Quantifizierung genutzt werden. Die Analysen wurden mit einem MALDI-TOF/TOF Massenspektrometer durchgeführt.

This work was focused on the development, optimization and evaluation of a mass spectrometric approach, the Q-PICS method, which simultaneously serves as tool for the determination of unknown cleavage site specificities –based on the so called PICS assay- and the quantification of the proteolytic process. While the classical PICS approach used biotinylated peptides, the application of TMT labeled peptides in the Q-PICS method offered the possibility to compare up to 6 different reporter ion channels, which were analyzed with MALDI TOF/TOF MS and MS/MS.

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Jakoby-Gregorius, Thomas: Methodenentwicklung für die Proteomanalyse proteolytischer Prozesse.

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