Hochdurchsatzsequenzierung zur Quantifizierung der minimalen Resterkrankung beim Multiplen Myelom

Die Analyse minimaler Resterkrankung (MRD) gewinnt aufgrund der Verfügbarkeit effektiverer Therapien beim Multiplen Myelom zunehmend an Bedeutung. Eine innovative Alternative zu etablierten MRD-Messmethoden stellt die ampliconbasierte Hochdurchsatzsequenzierung (NGS) von Immunglobulin (IG)-Genumlagerungen (Rearrangements) dar, für die im Rahmen des Europäischen Kooperationsprojektes EuroClonality-NGS multizentrisch validierte IG-NGS-Assays mit zugehörigen bioinformatischen Auswertetools entwickelt wurden. In der vorgelegten Dissertation wurde die Anwendbarkeit dieser Assays für die IG-Markerdetektion beim Multiplen Myelom überprüft und die Assays für eine Analyse minimaler Resterkrankung bei dieser Entität optimiert. Hierzu wurden Proben von 103 Patienten der randomisierten Therapieoptimierungsstudie DSMM XIV untersucht, für die im Rahmen der Referenzdiagnostik MRD durchflusszytometrisch mittels Next-Generation Flow (NGF) untersucht worden war.

Im ersten Schritt wurden 103 prätherapeutische Screening-Proben mittels Zwei-Schritt-PCR und anschließendem Amplicon-NGS untersucht, um klonale IG-Marker zu identifizieren. Es erfolgte die Amplifikation von IG-Schwerketten (IGH-VJ FR1, FR2 und FR3 sowie IGH-DJ) und IG-Leichtketten (IGK-VJ und IGK-Kde). Nach Identifikation klonaler IG-Marker wurden anschließend Verlaufsproben nach Induktionstherapie von 47 dieser Patienten mittels Ein-Schritt-PCR-Verfahren auf MRD untersucht. Die Quantifizierung erfolgte über eine Normalisierung mit definierten Kopienzahlen mitgeführter Zell-Linien-DNAs, den sogenannten spike-in Kontrollen. Im Rahmen der Dissertation wurden Grenzwerte für eine spezifische IG-Markerdetektion definiert, die Ein-Schritt-PCR optimiert und verschiedene Auswerteverfahren zur verbesserten Quantifizierung getestet.

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