Method Development for Qualitative, Quantitative and Computational Proteomics

Linke, Klaus Dennis

Protein phosphorylation is an important posttranslational modification that plays a regulatory role within numerous biological processes. The simultaneous identification, localization, and quantification of phosphorylated proteins is vital for understanding this dynamic control mechanism. The application of isobaric labeling strategies, e.g., iTRAQ, for quantitative phosphopeptide analysis requires (i) optimal peptide fragmentation conditions, (ii) sophisticated computational proteomics algorithms to identify (phosphorylated) iTRAQ labeled peptides, and (iii) the ability to use more than one Peptide-Spectra-Match and phosphopeptide sequence to guarantee accurate phosphorylation specific quantification. These three demands were combined into a platform to relatively quantify iTRAQ-4Plex labeled (phospho)proteins on a LTQ Orbitrap Velos.

Die Protein Phosphorylierung stellt eine wichtige posttranslationale Modifikation dar, die eine Vielzahl biologischer Prozesse reguliert. Um die dynamischen Kontrollmechanismen besser verstehen zu können, ist es wichtig phosphorylierte Proteine identifizieren und quantifizieren zu können. Die Anwendung isobarer Derivatisierungsstrategien (z.B. iTRAQ) zur quantitativen Phosphopeptid-Analyse erfordert (i) optimal eingestellte Peptid-Fragmentierungsbedingungen und (ii) speziell angepasste Algorithmen zur Identifizierung iTRAQ derivatisierter (phosphorylierter) Peptide. Weiterhin (iii) wird eine Vielzahl an Peptide-Spectrum-Matches bzw. Phosphopeptid spezifischer Sequenzen für eine akkurate Quantifizierung benötigt. Diese drei Anforderungen wurden in einer Plattform vereinigt, um iTRAQ derivatisierte (Phospho)Proteine mittels massenspektrometrischer Analyse auf einer LTQ Orbitrap Velos relativ zueinander quantifizieren zu können.

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Linke, Klaus Dennis: Method Development for Qualitative, Quantitative and Computational Proteomics.

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